Rozprawa doktorska "Zagadnienie wiary w dziełach u świętego Jana od Krzyża"
- Zbliżał się czas przyjęcia święceń kapłańskich, a wraz z nimi pojawiały się marzenia, jakby powracające z wadowickich czasów. Karol Wojtyła pragnął wstąpić do karmelitów bosych. Jego marzenia o habicie nie zostały spełnione. Książę metropolita Adam Stefan Sapieha stanowczo odmówił, twierdząc, że w archidiecezji po stratach wojennych bardzo potrzebni są księża tzw. świeccy, a nie zakonni. (To samo powtórzył po paru latach, kiedy to ks. Wojtyła ponowił prośbę o zgodę na wstąpienie do karmelitów bosych w Krakowie.)
- W dniu 15.XI.46 roku (dwa tygodnie po wyświęceniu) ksiądz Karol Wojtyła został wysłany przez Księcia Metropolitę Sapiehę na studia do Rzymu, gdzie kontynuował studia na Papieskim Międzynarodowym Athenaeum Angelicum (obecnie Papieski Uniwersytet Świętego Tomasza z Akwinu (Angelicum) w Rzymie.
- Napisał po łacinie rozprawę doktorską Zagadnienie wiary w dziełach u świętego Jana od Krzyża. Dla potrzeb doktoratu nauczył się języka hiszpańskiego, by czytać teksty renesansowego mistyka w oryginale. Z powodu braku funduszy na wydanie rozprawy drukiem nie uzyskał stopnia doktorskiego. Tytuł ten został mu przyznany na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego w grudniu 1948 r. na podstawie tej samej
dysertacji.
- W czerwcu 1948 roku wrócił do Polski. W lipcu tego roku został skierowany do parafii Niegowić, gdzie pełnił funkcję wikarego i katechety. Ksiądz Karol Wojtyła prowadził Żywy Różaniec oraz pomagał młodzieży w amatorskim teatrze. Pod Jego kierownictwem młodzież wystawiła sztukę "Gość oczekiwany" Zofii Kossak-Szczuckiej. Wolny czas starał się spędzać z młodzieżą na łonie natury.
- W marcu 1949 roku ksiądz Karol przeniesiony został do parafii św. Floriana w Krakowie. Pełnił w niej funkcję wikariusza, sprawując sakramenty i zajmując się młodzieżą akademicką. Nadal wyprawiał się na wycieczki z młodzieżą. Podczas wielu wycieczek ksiądz Wojtyła starał się zmylić ówczesną milicję, dlatego zdejmował sutannę i powiedział, że mogą go nazywać „wujkiem”.